Le récit se déroule dans le Japon de « l’ère Sengoku », en pleine période de guerres civiles. Un Rōnin sans nom (« Nanashi ») sauve un jeune orphelin, Kotarō, et son chien Tobimaru, lors d’un incendie.

Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotarō dans le but de l’utiliser pour accomplir un rituel occulte procurant la vie éternelle. Parmi eux se trouve Rarō, un <a-redirect href="http://www.kazeo.com/wiki/Bretteur" title="Bretteur"></a-redirect><a-redirect></a-redirect>bretteur émérite assoiffé de combats aux ordres de Byakuran. Kotarō engage alors le rōnin Nanashi comme garde du corps en échange d’une pierre précieuse qu’un moine lui a donné, et ils décident de faire route ensemble. À partir de cet instant, leurs destins vont être inexorablement liés.

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